Si de nombreux pays africains ont un taux de natalité élevé, ils font également face à un taux de mortalité extrêmement fort, y compris une mortalité infantile. Dix pays africains avaient en 2008 un taux de mortalité infantile supérieur à 100 ‰ (soit 10%), 30 un taux supérieur à 50 ‰ (soit 5%)28. Les 5 pays ayant l'espérance de vie la plus faible (de 32 à 41 ans) en 2008 étaient tous africains.
Le Sida est devenu la première cause de mortalité en Afrique à la fin du XXe siècle. C'était encore le cas en 2007, où ONUSIDA estimait à 22 millions le nombre de personnes infectées en Afrique. La malnutrition (carence en vitamines ou calorique), la famine, le manque d'eau ou la mauvaise qualité de l'eau, les épidémies sont autant d'autres causes importantes.
