La partie nord du territoire du Soudan moderne est connue jusqu'au XVIème siècle sous le nom de Nubie. En revanche, l'histoire du Soudan méridional demeure obscure jusqu'au XIXème siècle.

Les royaumes du Soudan

- Epoque néolithique : Présence d'une riche civilisation née des contacts avec un Sahara en voie de désertification.
- Milieu du IVème millénaire avant J.-C. : Apparition de principautés.
- Environ 2500-1500 avant J.-C. : Naissance au royaume de Kerma. Ce dernier entretient d'étroits contacts avec l'Égypte, qui l'évoque sous le nom de Coush et lance parfois des expéditions contre lui. Des monuments et vestiges archéologiques (deffutas de Kerma), situés dans la région comprise entre le désert de Nubie et le Nil témoignent aujourd'hui d'une civilisation originale.
- De 1500 A 1075 environ : L'Égypte du nouvel Empire exerce une grande influence sur le pays. La région reprend ensuite son indépendance et une dynastie nubienne fonde une principauté autour de Napata.
- VIIIème siècle avant J.-C. : Le roi de Coush annexe l'Égypte et se proclame pharaon.
- 671 avant J.-C. : Renversée par les Assyriens, la dynastie coushite se replie à Napata, puis a Méroé, plus au nord et moins soumis à l'accentuation de la désertification.
- Vers 350 avant J.-C. : Le royaume éthiopien d'Aksoum conquiert la Nubie.
- A partir du VIème siècle de notre ère : A l'ancien royaume de Méroé succèdent de petits royaumes chrétiens qui subsistent jusqu'au début du XVIème siècle. Isolés après la conquête arabo-musulmane de l'Égypte vers 640, ils disparaissent les uns après les autres lorsque les Foundjis, des Noirs islamisés, établissent un sultanat à Sennar en 1504.

La conquête de Méhémet Ali

- XVIème siècle : Le sultanat des Foundji, dont la puissance est assise sur la traite des Noirs, devient un État puissant dont la capitale se révèle être l'un des foyers culturels les plus importants de l'islam.
- Fin du XVIIIème siècle : Des dissensions entre les grandes tribus foundji affaiblissent considérablement le royaume.
- 1821 : Le Soudan est envahi par l'armée de Méhémet Ali, vice-roi d'Égypte.
- 1823 : Fondation de Khartoum, au confluent des deux Nil. Une vaste partie de la Nubie est rattachée à l'Égypte sous le nom de Soudan égyptien. La domination égyptienne (qui va durer soixante ans) s'étend progressivement au sud, soutenue par les Britanniques qui veulent compter l'Égypte parmi leurs possessions d'Afrique australe. A l'ouest, néanmoins, le Sultanat de Darfour, dans le djebel Marra habité par les Fours, conserve son indépendance jusqu'en 1916. Les querelles intestines provoquées par la traite des esclaves dans le Sud, et plus généralement par l'incompétence de l'administration, ne font que s'accentuer pendant cette période.
- De 1877 à 1880 : Alors que le Soudan égyptien est gouverné, au nom de l'Empire ottoman, par le général et administrateur britannique Charles George Gordon, des efforts sont déployés pour supprimer le commerce des esclaves.

La révolte mahdiste

- 1882 : La démission de Gordon puis l'instauration d'un protectorat britannique en Égypte aggravent les tensions internes au Soudan. La révolution nationaliste mahdiste naît à ce moment : les disciples de Muhammad Ahmad Abd Allah, qui s'est proclamé Mahdi (c'est-à-dire imam caché, ou messie, dans la tradition musulmane), remportent plusieurs victoires.
- Novembre 1883 : Les Ansar parviennent notamment à détruire un corps d'armée égyptien et à se rendre maître de Khartoum en janvier 1885, bataille au cours de laquelle Gordon trouve la mort. Ils parviennent ainsi à contrôler le nord du Soudan.
La situation intérieure se détériore sous le règne du Mahdi puis du calife Abdallah al-Taaisha, qui succède au Mahdi en 1885. Le calife mène une lutte incessante contre les peuples nilotiques du Sud, annexant une grande partie de leur territoire au Soudan égyptien, et se lance dans plusieurs autres aventures militaires, dont une tentative avortée de conquête de l'Égypte en 1889.
- 1896 : Les gouvernements britannique et égyptien, soucieux de contrer l'influence croissante de la France en Afrique centrale, lancent une expédition militaire commune contre le calife. Menée par le général Kitchener, elle se solde par la défaite des troupes mahdistes à Omdurman, le 2 septembre 1898.

Le Soudan anglo-égyptien

- 19 janvier 1899 : Instauration d'un condominium anglo-égyptien sur le Soudan. En réalité, le Royaume-Uni apparaît comme le véritable maître du pays, établissant dans le Nord une organisation administrative efficace, et favorisant le développement économique de la colonie, notamment par l'irrigation de la Gézireh. La mainmise britannique est bien plus ténue dans le Sud, placé sous l'autorité d'une poignée de fonctionnaires coloniaux, les "barons du marais" et sous l'influence des missionnaires chrétiens, autorisés par le gouvernement britannique à évangéliser les populations nilotiques. Les Français tentent également de s'établir dans cette région : l'expédition menée par Marchand à Fachoda manque de provoquer un affrontement direct entre les deux puissances coloniales occidentales. Kitchener contraint les Français à se retirer en échange de l'abandon de leurs prétentions sur le Sahara. La pacification du Soudan a été difficile et n'est réellement achevée qu'en 1916, après l'assassinat du sultan du Darfour par des agents anglais.
- 1922 : A la suite de l'indépendance de l'Égypte, le nationalisme soudanais redouble de vigueur. Il est cependant divisé entre partisans de l'intégration à l'Égypte et indépendantistes, représentés par le parti Oumma (dont le nom signifie littéralement la communauté musulmane) allié à la secte des Ansars.
- 1924 : Premier soulèvement dans le sud. Les Anglais choisissent alors de mener une double politique, d'"indirect rule" au nord, les sheikhs servant d'intermédiaire entre les autorités anglo-égyptiennes et la population et une "southern policy" au sud. En pratique, Nord et Sud cessent toutes communications, les Anglais empêchant tout contact entre les deux parties du Soudan. Cette politique est source de frustration et de ressentiments. Au nord, les populations estiment que les sudistes, accusés de ne pas être de véritables nationalistes, font figure de traîtres, alors qu'au sud les populations ont le sentiment d'être des oubliés, des laissés-pour-compte.
- 1936 : Un traité signé par l'Égypte et le Royaume-Uni confirme la convention de 1899. Toutefois, après la Seconde Guerre mondiale, les deux pays entament des négociations afin de réviser ce traité. Le gouvernement égyptien exige le départ des Britanniques du Soudan, lesquels s'y refusent : ils ne consentent qu'à de légères modifications institutionnelles.

L'indépendance

- 1948 : Election d'une assemblée législative, dominée par les partis représentant le nord du pays. Les députés exigent des deux puissances coloniales la création d'un gouvernement soudanais et dénoncent le condominium.
- Octobre 1951 : Farouk d'Égypte se proclame unilatéralement roi du Soudan. Après que le souverain eut été contraint d'abdiquer par le général Néguib, le Soudan se voit reconnaître, en 1952, le droit à l'autodétermination.
- Fin de l'année 1953 : De nouvelles élections législatives ont lieu. Le parti démocratique unioniste, proégyptien, et le parti Oumma remportent la majorité des sièges, ce qui entérine la marginalisation des partis politiques du Sud. La formation d'un gouvernement "entièrement" soudanais, composé pour l'essentiel de représentants du Nord, en janvier 1954, marque le début de la "soudanisation" du pays, qui crée un contexte favorable à un affrontement civil entre populations. Celui-ci éclate dès août 1955. Conduits par le mouvement Anya-Nya, les Sudistes revendiquent la création d'un État distinct. Ils reçoivent le soutien des États-Unis, d'Israël, de l'Ouganda et de l'Éthiopie.
- 1er janvier 1956 : Instauration de la république (unitaire) du Soudan, reconnue immédiatement par l'Égypte et le Royaume-Uni, appuyée par l'Union soviétique dans sa lutte contre le Sud sécessionniste. Le Soudan devient membre de la Ligue arabe le 19 janvier et des Nations unies le 12 novembre de la même année.

Le gouvernement de Nemeiri

- 1958 : Les élections législatives donnent la majorité au parti Oumma. Toutefois, l'armée se révolte et porte au pouvoir le général Ibrahim Abboud, favorable à une intensification des relations avec l'Égypte. Sa démission, intervenue en 1964 après une violente révolte étudiante, permet le rétablissement, provisoire de la démocratie, mais ne modifie en rien la politique menée à l'égard du Sud. Après la guerre israélo-arabe de 1967, la diplomatie du pays s'affirme résolument proarabe.
- 1969 : Un groupe d'officiers, avec à sa tête le général Djafar al-Nemeiri, prend le pouvoir et installe un gouvernement placé sous l'autorité d'un conseil révolutionnaire. Le nouveau régime réprime le mouvement fondamentaliste des Frères musulmans et le parti Oumma, se rapproche des États-Unis et de l'Égypte (il est le seul pays de la région arabo-musulmane à soutenir l'accord de paix avec Israël) et négocie un cessez-le-feu avec les sécessionnistes du Sud, auxquels l'autonomie est accordée.
- Juillet 1971 : Une tentative de coup d'État imputable à des officiers communistes échoue. Le général Nemeiri en profite pour décapiter le Parti communiste soudanais (le plus puissant d'Afrique), opère des milliers d'arrestations et fait exécuter des opposants, parmi lesquels Joseph Garang, l'ancien ministre des Affaires du Sud et le secrétaire général du parti, Abd al-Khaliq Mahjoud.
- 1972 : Confirmé à la tête de l'État, réélu pour un troisième mandat en avril 1983, Nemeiri, confronté à la faillite de l'économie soudanaise, renoue avec les Frères musulmans, qui entrent au gouvernement, et fait appliquer la loi islamique (la charia). Le Sud, où, depuis le cessez-le-feu de 1972, les investissements étrangers affluent, est divisé en trois provinces. Les Sudistes se rebellent de nouveau, refusant ce découpage géographique et l'entrée en vigueur de la charia. Ils sont désormais rassemblés au sein d'une seule armée, l'Armée de libération du peuple soudanais (APLS), dirigée par le colonel John Garang. Dans le Nord, la situation se dégrade également, avec l'opposition du parti Oumma et des Ansars, et les manifestations contre l'augmentation du prix des produits alimentaires se multiplient.
- Avril 1984 : La loi martiale est proclamée.
- Janvier 1985 : L'exécution publique d'un religieux musulman, Mahmoud Tahan, âgé de soixante-seize ans, vénéré comme un saint homme, accroît les troubles politiques. En avril, un soulèvement populaire à Khartoum débouche sur un nouveau coup d'État militaire.

Établissement d'un pouvoir islamique

Après une période de transition, la démocratie est rétablie ; Sadek al-Mahdi, arrière-petit-fils du Mahdi et chef de file du parti Oumma, est élu Premier ministre en 1986, lors des premières élections libres organisées dans le pays depuis dix-huit ans. Il intensifie l'offensive contre les Sudistes, mais la crise sociale provoquée par la hausse de la dette publique, les ravages d'une famine due à la guerre et à des crues extraordinaires du Nil affaiblissent le nouveau gouvernement.
- Juin 1989 : L'armée reprend le pouvoir, sous la direction du général Omar el-Béchir, qui épouse l'orientation idéologique pro-islamique d'un juriste formé en Occident, Hassan al-Tourabi. Les institutions démocratiques sont suspendues, la charia appliquée avec une nouvelle vigueur. Après l'échec des négociations avec l'APLS, la guerre s'intensifie.
- 1991 : La chute, en Éthiopie, du régime de Mengistu prive l'APLS de l'une de ses bases de repli, mais la conclusion d'un cessez-le-feu n'intervient qu'en 1995, sous l'égide de l'ancien président américain Jimmy Carter. Malgré les tentatives, parfois couronnées de succès, de diviser ses adversaires de l'APLS en attisant les clivages communautaires, le régime ne parvient pas à mater le soulèvement. Les nouveaux régimes d'Éthiopie et d'Érythrée apportent désormais leur soutien à la guérilla, ainsi qu'aux opposants musulmans traditionnels.
- Mai 1998 : Le droit à l'autodétermination des peuples du Sud soudanais est reconnu, mais non suivi d'effet. Le problème essentiel n'est pas l'indépendance, que les organisations du Sud ne revendiquent pas formellement, mais la décision d'appliquer la loi islamique à l'ensemble de la population. Aidé uniquement par les organisations non gouvernementales, le Sud soudanais reste dévasté par une guerre qui entraîne famine sur famine et qui ne semble pas devoir se terminer tant que le régime en place refusera de prendre en compte les revendications des non-musulmans.
- Mai 1999 : Le régime cherche à se réconcilier avec l'opposition nordiste en exil : Djafar el-Nemeiri rentre à Khartoum ; al-Tourabi rencontre Sadek al-Mahdi du parti de l'Oumma.
Sur le plan international, le régime soudanais est de plus en plus isolé.
- 1990 : Son refus de condamner l'invasion irakienne du Koweït entraîne une dégradation de ses relations avec les pays du Golfe.
- 1993 : Les États-Unis, après plusieurs mois d'enquête, inscrivent le Soudan sur la liste des États soutenant le terrorisme. Dénoncé par les organisations non gouvernementales pour les graves atteintes aux droits de l'Homme, notamment dans le Sud (offensives meurtrières, utilisation de la famine comme arme, exode massif des populations), le pouvoir, contrôlé par les islamistes, a également perdu l'aide financière des pays occidentaux.