Bien que très certainement déjà visité par des navigateurs arabes depuis le Xème siècle, l'archipel était inhabité lorsqu'il fut signalé par Vasco de Gama, en 1502 ; les Portugais ne l'utilisèrent que comme escale sur la route des Indes, et au XVIIIème siècle, les Seychelles, toujours pratiquement inhabitées, ne servaient que de repaires aux pirates lorsque les Français en prirent possession.
Ce fut le gouverneur de l'île de France (aujourd'hui Maurice), Mahé de La Bourdonnais, qui, en 1742, envoya le navigateur Lazare Picault reconnaître ces îles ; ce dernier nomma les îles Mahé (en l'honneur du gouverneur) et Praslin (du nom du duc de Choiseul), l'archipel, quant à lui, recevant plus tard le nom de l'intendant général des Finances, Moreau de Séchelles.
En 1756, la France en prend officiellement possession et, à partir de 1770, le nouveau gouverneur de l'île de France, Pierre Poivre, y introduit la culture des épices.
À la fin du XVIIIème siècle, les Britanniques tentèrent plusieurs fois de s'emparer de l'archipel, mais la conduite évasive du gouverneur français, Quéau de Quinssy, permit d'y maintenir jusqu'en 1810 la souveraineté française : il répondait en effet à chaque débarquement britannique par une reddition immédiate, mais, sitôt les troupes ennemies reparties, il faisait de nouveau hisser le drapeau français.
Cependant, en 1814 (traité de Paris), les Britanniques prirent officiellement le contrôle de l'archipel, qu'ils rattachèrent à l'île Maurice.
Les Seychelles furent d'abord administrées par un simple agent.
L'octroi, en 1903, du statut de colonie de la Couronne concrétisa la séparation des Seychelles et de l'île Maurice.
À partir de 1948, plusieurs réformes constitutionnelles successives conduisirent l'archipel de l'autonomie à l'indépendance (29 juin 1976), au sein du Commonwealth.
James Mancham, le dirigeant du Parti démocratique des Seychelles (SDP, partisan du maintien de liens étroits avec le Royaume-Uni), devint le président de la République, tandis que France-Albert René, chef du Parti unifié des Seychellois (SPUP, partisan de l'autonomie), prenait la tête d'un gouvernement de coalition.
En juin 1977, France-Albert René prit le contrôle du pays à la suite d'un coup d'État.
L'Assemblée nationale fut dissoute, la Constitution suspendue et le SPUP, renommé Front Progressiste du Peuple Seychellois (SPPF), érigé en parti unique.
Deux ans plus tard, une nouvelle Constitution entra en vigueur, confirmant l'orientation «socialiste» de la nouvelle république. Seul candidat aux élections présidentielles, France-Albert René vit son mandat reconduit en 1984 et 1989.
Les nombreuses tentatives de coups d'État menées, à l'intérieur du pays par les forces de l'opposition appuyées par des mercenaires, ou dirigées par des opposants en exil, se soldèrent par des échecs (1981, 1987).
En janvier 1992, cependant, sous la pression internationale, notamment celle de la France et du Royaume-Uni, le président René annonça la tenue d'élections pluralistes avant la fin de l'année.
Le SPPF remporta plus de 58 % des suffrages exprimés contre plus de 33 % pour le Nouveau parti démocratique (NDP) de l'ancien président James Mancham revenu d'exil.
La Constitution fut amendée en janvier 1993. Le référendum sur la constitution de la nouvelle Assemblée nationale, organisé par France-Albert René et James Mancham, recueillit l'approbation de près de 74 % des votants et le président sortant fut réélu en juillet.
L'introduction, en novembre 1995, de l'Acte de développement économique (EDA) garantissant l'immunité d'extradition aux gros investisseurs étrangers et les réformes favorisant le développement du tourisme de luxe et de l'industrialisation au détriment des aides publiques, soulevèrent l'indignation de l'opposition.
Au sein de la communauté financière internationale, l'EDA fut perçu comme un coup de force menaçant l'équilibre du système financier mondial.
Sous la pression de nombreuses puissances dont la France, les États-Unis et le Royaume-Uni, le gouvernement seychellois, renonçant à ce projet, constitua une commission de contrôle des candidatures présentées par les investisseurs potentiels et mit en place une législation destinée à prévenir le blanchiment de fonds illicites.
En 1996, un amendement à la constitution créa le poste de vice-président, dont les responsabilités ont été augmentées en 1997.