Avant l'indépendance du Territoire des Comores, Mayotte faisait partie de cet archipel de quatre îles, connu depuis l'antiquité.
Ces îles, placées au carrefour maritime de l'Océan Indien, connurent à une époque plus récente une succession d'invasions arabes dont une au XVème siècle arrivant du golfe persique, laissa des traces profondes.
Au XVIème siècle, les Portugais et les Français y séjournent quelque temps sans s'opposer cependant à l'influence arabe et à l'implantation de l'islam.
A la fin du XVIIIème siècle, les Malgaches envahissent Mayotte et s'y installent durablement, si bien qu'aujourd'hui encore on parle dans de nombreux villages de Mayotte le sakalave, langue d'origine malgache.
Le 24 avril 1841, le sultan de Mayotte cède à la France l'île, qui devient dès lors une colonie. Une ordonnance royale de 1846 y abolit l'esclavage.
La France n'établit son protectorat sur les autres îles qu'environ un demi-siècle plus tard (de 1886 à 1892), constituant un peu plus tard la colonie de " Mayotte et dépendances " rattachée par la loi du 25 juillet 1912 à Madagascar, alors colonie française.
Mayotte fut Territoire d'Outre-mer de 1946 à 1975.
En 1974, par référendum, trois des îles de l'archipel optent pour l'indépendance, alors que Mayotte préfère rester française.
A la proclamation de l'indépendance des Comores en 1976, la population de Mayotte se prononça pour le maintien de l'île au sein de la République Française.
A partir de décembre 1976, Mayotte devient une Collectivité Territoriale Française, administrée par un Représentant du Gouvernement ayant rang de Préfet. Une nouvelle loi votée le 22 décembre 1979 porte que "l'île de Mayotte fait partie de la République Française et ne peut cesser d'y appartenir sans le consentement de sa population".
Depuis juin 2000, à la suite d'un référendum, Mayotte est devenue Collectivité Départementale Française.